I frugtbar alder forekommer migræne 2-3 gange hyppigere hos kvinder sammenlignet med mænd og påvirkning af kvindelige hormoner er en af årsagerne til dette. Forekomsten af migræneanfald hos kvinder er højest på dagene omkring første menstruationsdag.
Migræne kan udløses af et brat fald i østrogenniveau men kun hvis der forud for dette fald har været et højt østrogenniveau gennem flere dage. Dette forklarer den øgede forekomst af migræne omkring menstruation og den mindskede forekomst af migræne under graviditet.